El seguimiento de las variantes de virus en EE. UU. Ha mejorado después de un comienzo lento

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Después de un comienzo lento, Estados Unidos ha mejorado su sistema de vigilancia para rastrear nuevas variantes de coronavirus como omicron, aumentando su capacidad en decenas de miles de muestras por semana desde principios de este año.

Los virus mutan constantemente. Para encontrar y rastrear nuevas versiones del coronavirus, los científicos analizan la composición genética de una parte de las muestras que dan positivo.

Están analizando las letras químicas del código genético del virus para encontrar nuevos mutantes preocupantes, como omicron, y seguir la propagación de variantes conocidas, como delta.

Es un esfuerzo global, pero hasta hace poco tiempo, Estados Unidos contribuía muy poco. Con pruebas descoordinadas y dispersas, EE. UU. Estaba secuenciando menos del 1% de las muestras positivas a principios de este año. Ahora, está ejecutando esas pruebas en un 5% a un 10% de las muestras. Eso está más en línea con lo que otras naciones han secuenciado y compartido con rastreadores de enfermedades globales durante el curso de la pandemia.

“La vigilancia genómica es sólida”, dijo Kelly Wroblewski, directora de enfermedades infecciosas de la Asociación de Laboratorios de Salud Pública.

Contribuyen al esfuerzo casi 70 laboratorios de salud pública estatales y locales, que están secuenciando entre 15.000 y 20.000 muestras cada semana. Otros laboratorios, incluidos los administrados por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades y sus contratistas, elevan el total a 40.000 a 80.000 por semana.

Hace nueve meses, se analizaban de esta forma unas 12.000 muestras cada semana.

“Estamos en un lugar mucho, mucho mejor que hace un año o incluso hace seis o nueve meses”, dijo Kenny Beckman de la Universidad de Minnesota, quien acreditó dólares federales distribuidos a laboratorios públicos y privados. Dirige el laboratorio de genómica de la universidad, que ahora secuencia alrededor de 1.000 muestras a la semana de estados como Minnesota, Arkansas y Dakota del Sur. Hace un año, el laboratorio no hizo ninguna secuenciación.

Con $ 1.7 mil millones en el proyecto de ley de alivio del coronavirus del presidente Joe Biden, Estados Unidos ha estado estableciendo una red nacional para rastrear mejor las mutaciones del coronavirus.

Aún así, alrededor de dos docenas de países están secuenciando una mayor proporción de muestras positivas que los EE. UU., Dijo el Dr. William Moss de la Escuela de Salud Pública Johns Hopkins Bloomberg. El surgimiento de Omicron podría «estimular a Estados Unidos a hacer esto mejor».

«Creo que todavía tenemos un largo camino por recorrer», dijo Moss.

Algunos estados están secuenciando solo alrededor del 1% de las muestras, mientras que otros están en el rango del 20%, señaló el Dr. Phil Febbo, director médico de Illumina, una compañía con sede en San Diego que desarrolla tecnologías de secuenciación genómica.

“Podríamos ser más sistemáticos al respecto y más consistentes para asegurarnos de que no haya desiertos de vigilancia genómica donde podríamos perdernos la aparición de una variante”, dijo Febbo.

Para ayudar al esfuerzo de vigilancia, las pruebas de PCR estándar que utilizan hisopos nasales enviados a los laboratorios pueden detectar una señal de que alguien probablemente tenga la variante omicron. Si una prueba de PCR es positiva para solo dos de los tres genes diana, un resultado de la prueba de abandono S, es un marcador para omicron incluso antes del paso adicional de secuenciación genética para probarlo.

«Es fortuito», dijo Trevor Bedford, biólogo y experto en genética del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson. “Si necesita realizar una secuenciación para identificar la variante, siempre se retrasará un poco y será más costoso. Si solo confía en este abandono S como identificación, entonces es más fácil «.

Dijo que otras variantes también han provocado esta peculiaridad en los resultados de las pruebas de PCR, pero no la variante delta. Con delta tan dominante en los EE. UU. En este momento, se notará un resultado de abandono S, dijo Bedford. (Bedford recibe fondos del Instituto Médico Howard Hughes, que también apoya al Departamento de Salud y Ciencia de The Associated Press).

El Dr. Anthony Fauci, el principal experto en enfermedades infecciosas del país, dijo que es «inevitable» que omicron llegue a Estados Unidos.

Muchos expertos dijeron que probablemente ya esté aquí y que pronto será detectado por el sistema de vigilancia. Pero la pregunta es, ¿entonces qué?

El investigador del SIDA de la Universidad de Wisconsin, David O’Connor, señaló: “No tenemos el tipo de restricciones de viaje interestatales que harían posible contener el virus en un solo lugar”.

En cambio, la vigilancia genómica les dirá a los funcionarios si omicron se está propagando inusualmente rápido en algún lugar y si se deben enviar más recursos a esos lugares, dijo.

Cuando aparezca el omicron, las autoridades de salud pública deberán considerar otras variables en sus esfuerzos de selección, como el nivel de infección ya presente en esa comunidad y la tasa de vacunación. Los brotes graves en áreas altamente vacunadas serían particularmente preocupantes.

Aún así, Beckman de la Universidad de Minnesota ve pocas ventajas en aumentar enormemente la secuenciación.

«No es necesario secuenciar más de un pequeño porcentaje de casos positivos para tener una idea de la rapidez con la que está creciendo», dijo.

A diferencia de otros países, los funcionarios del gobierno de EE. UU. No han ejercido la autoridad para obligar a las personas a ponerse en cuarentena si dan positivo por variantes preocupantes. Dado eso, la secuenciación es principalmente una herramienta de vigilancia para rastrear la propagación de mutaciones.

«Creo que es importante rastrear las variantes, pero no creo que sea práctico pensar que seremos capaces de secuenciar lo suficientemente rápido y amplio como para detener una variante en sus pistas», dijo Beckman.

Contribuyeron los escritores de AP Lauran Neergaard, Matthew Perrone y Ricardo Alonso-Zaldivar.

El Departamento de Salud y Ciencia de Associated Press recibe apoyo del Departamento de Educación Científica del Instituto Médico Howard Hughes. AP es el único responsable de todo el contenido.

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