Un nuevo método revela los orígenes del cáncer: metanfetamina del ADN

en un nuevo Comunicaciones de la naturaleza En el estudio, el profesor GU Hongcang y su equipo de los Institutos Hefei de Ciencias Físicas (HFIPS) de la Academia China de Ciencias (CAS), introdujeron un método innovador llamado VEctor de soporte lineal basado en valores BEta (BELIVE) para rastrear el origen del cáncer de origen primario desconocido. sitios (COPA).

Tradicionalmente, la inmunohistoquímica (IHC) se ha utilizado como “estándar de oro” para identificar el sitio primario del cáncer. Sin embargo, esta prueba sólo tiene éxito en el 50-65% de los pacientes con CUP. Para mejorar la precisión, el equipo de investigación se centró en la metilación del ADN, que muestra especificidad tisular y puede servir como marcador molecular para identificar el tejido de origen.

El equipo utilizó una técnica llamada secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS) para perfilar la metilación del ADN. Desarrollaron un enfoque novedoso utilizando muestras fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE), lo que les permitió trabajar con ADN altamente degradado a un nivel de nanogramos. La secuenciación RRBS se realizó en muestras frescas congeladas de 10 tipos de tumores comunes y los datos resultantes se utilizaron para generar un algoritmo de predicción.

Los investigadores construyeron 28 clasificadores utilizando cuatro métodos diferentes de evaluación de la metilación y siete técnicas de aprendizaje automático. Entre ellos, el clasificador BELIVE basado en la metilación promedio tuvo el mejor desempeño, logrando una impresionante precisión general (AUC) de 0,95 durante la fase de validación intermedia. También se construyó un conjunto independiente de bibliotecas de validación de metástasis (n = 215) utilizando muestras de tejido FFPE de casos de cáncer metastásico, validando aún más la precisión de BELIVE, que logró una precisión de predicción del 81 %.

En un estudio prospectivo, el equipo evaluó muestras FFPE de 68 pacientes con CUP y logró una notable tasa de sensibilidad del 81 % en la primera categoría. Al considerar las tres predicciones principales, la sensibilidad alcanzó un impresionante 93%.

El método BELIVE es una herramienta muy eficaz para identificar el tejido de origen en pacientes con cáncer metastásico y CUP. Las perspectivas futuras de su utilidad clínica incluyen la incorporación de tipos de cáncer adicionales al clasificador, un desarrollo que actualmente se encuentra bajo evaluación exhaustiva.

“Esta investigación promete mejorar significativamente nuestra capacidad para diagnosticar y tratar cánceres con sitios primarios desconocidos y, en última instancia, mejorar los resultados de los pacientes”, afirmó el profesor GU.