Un equipo de investigación liderado por científicos del Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva ha generado el ensamblaje de alta calidad del genoma de un denisovano utilizando ADN de un molar antiguo encontrado en la cueva de Denisova. El diente perteneció a un hombre que vivió hace aproximadamente 200.000 años, más del doble de la antigüedad del único individuo denisovano secuenciado previamente. Este nuevo genoma está obligando a los investigadores a reconsiderar cuándo y dónde se encontraron, mezclaron y migraron los primeros grupos humanos en Asia.
An artist’s concept of a Penghu Denisovan walking under the bright Sun during the Pleistocene of Taiwan. Image credit: Cheng-Han Sun.
El Dr. Stéphane Peyrégne, genetista evolutivo del Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva, y sus colegas recuperaron el genoma de un denisovano a partir de un molar desenterrado en la cueva de Denisova, en las montañas de Altái, en el sur de Siberia. Este mismo sitio fue donde se identificaron por primera vez los denisovanos en 2010 mediante el análisis de ADN de un hueso del dedo.
Desde entonces, la cueva se ha convertido en una piedra angular de la investigación evolutiva humana, revelando ocupaciones repetidas por parte de denisovanos, neandertales e incluso el hijo de padres pertenecientes a ambos grupos.
“Los denisovanos, un grupo humano extinto, fueron identificados por primera vez basándose en ADN antiguo extraído de Denisova 3, una falange del dedo descubierta en la cueva de Denisova en las montañas de Altái, en Siberia, en 2008”, explicaron el Dr. Peyrégne y sus coautores.
“El análisis del genoma nuclear de este individuo reveló que los denisovanos eran un grupo hermano de los neandertales, otro grupo de humanos ahora extintos que vivieron en Eurasia occidental durante el Pleistoceno medio y superior.”
“Si bien doce restos fragmentarios y un cráneo han sido atribuidos desde entonces a los denisovanos basándose en el análisis de ADN o proteínas, solo Denisova 3 ha proporcionado un genoma de alta calidad.”
El diente analizado recientemente perteneció a un denisovano macho que vivió hace unos 200.000 años, en una época en que los humanos modernos aún no habían salido de África.
“En 2020, se encontró un molar superior izquierdo completo en la capa 17, una de las capas culturales más bajas de la Cámara Sur de la cueva de Denisova, con una datación de entre 200.000 y 170.000 años mediante luminiscencia estimulada ópticamente”, explicaron los científicos.
“Designado como Denisova 25, este molar es similar en tamaño a los otros molares descubiertos en la cueva de Denisova, Denisova 4 y Denisova 8, y más grande que los de los neandertales y la mayoría de los otros homínidos del Pleistoceno medio y posterior, lo que sugiere que potencialmente perteneció a un denisovano.”
“Se tomaron dos muestras de 2,7 y 8,9 mg perforando un agujero en la unión cemento-esmalte del diente, y se obtuvieron doce submuestras, que oscilaron entre 4,5 y 20,2 mg, rascando suavemente la capa externa de una de las raíces con una fresa dental.”
Gracias a la excepcional preservación del ADN, los autores pudieron reconstruir el genoma de Denisova 25 con una alta cobertura, haciéndolo comparable en calidad al genoma de la mujer Denisova 3 de 65.000 años de antigüedad.
Denisovans were probably dark-skinned, unlike the pale Neandertals. The picture shows a Neanderthal man. Image credit: Mauro Cutrona.
La comparación de los dos genomas reveló que los denisovanos distaban mucho de ser una población única y estable.
En cambio, al menos dos grupos denisovanos distintos ocuparon la región de Altái en diferentes momentos, con uno reemplazando al otro a lo largo de miles de años.
El denisovano más antiguo también portaba más ADN neandertal que el más reciente, lo que demuestra que el cruce entre estos humanos arcaicos ocurrió repetidamente, no como accidentes raros, sino como una característica recurrente de la vida en la Eurasia de la Edad de Hielo.
Aún más sorprendente, el equipo encontró evidencia de que los denisovanos mismos se mezclaron con una población de homínidos “superarcaicos” aún más antigua que se separó del árbol genealógico humano antes de que divergieran los antepasados de los denisovanos, los neandertales y los humanos modernos.
“El uso de este segundo genoma denisovano ha demostrado que hubo una mezcla recurrente entre neandertales y denisovanos en la región de Altái, pero que estas poblaciones mixtas fueron reemplazadas por denisovanos de otros lugares, lo que apoya la idea de que los denisovanos estaban ampliamente distribuidos y que Altái podría haber estado en el límite de su rango geográfico”, afirmaron los investigadores.
El genoma de Denisova 25 también ayuda a resolver un rompecabezas de larga data sobre la ascendencia denisovana en las personas que viven hoy en día.
Las poblaciones modernas de Oceanía, partes del sur de Asia y el este de Asia portan ADN denisovano, pero no del mismo tipo.
Al comparar los segmentos genéticos denisovanos en miles de genomas actuales, los científicos identificaron al menos tres fuentes denisovanas distintas.
Un grupo, estrechamente relacionado con el genoma denisovano más reciente, contribuyó a la ascendencia en todo el este de Asia y más allá.
Una segunda población denisovana, más divergente, contribuyó con ADN de forma independiente a los antepasados de los oceanos y a los asiáticos del sur.
Es crucial destacar que los asiáticos del este no portan esta ascendencia denisovana profundamente divergente, lo que sugiere que sus antepasados tomaron una ruta migratoria diferente hacia Asia, probablemente desde el norte, mientras que los antepasados de los oceanos se movieron a través del sur de Asia antes.
“Los segmentos de ADN similares a los de los neandertales se comparten entre todas las poblaciones, incluidos los oceanos, lo que es consistente con un único evento de salida de África, pero los flujos de genes denisovanos independientes sugieren múltiples migraciones hacia Asia”, dijeron los científicos.
A portrait of a juvenile female Denisovan based on a skeletal profile reconstructed from ancient DNA methylation maps. Image credit: Maayan Harel.
Según el equipo, algunas variantes genéticas denisovanas probablemente fueron beneficiosas y aumentaron su frecuencia en los humanos modernos a través de la selección natural.
Utilizando los dos genomas denisovanos, los autores identificaron docenas de regiones en las poblaciones actuales que parecen haber sido moldeadas por la introgresión denisovana, particularmente en Oceanía y el sur de Asia.
Otros cambios genéticos denisovanos ofrecen pistas tentadoras sobre cómo podrían haber sido estos antiguos humanos.
Varias mutaciones específicas de los denisovanos afectan a los genes relacionados con la forma del cráneo, la proyección de la mandíbula y las características faciales, rasgos que coinciden con la evidencia fósil limitada atribuida a los denisovanos.
Un cambio regulatorio se sitúa cerca de FOXP2, un gen involucrado en el desarrollo cerebral y el habla y el lenguaje en los humanos modernos, lo que plantea nuevas preguntas sobre la cognición denisovana, aunque los investigadores advierten que las pistas genéticas no pueden sustituir a la evidencia fósil o arqueológica directa.
“Los efectos de los alelos denisovanos introgresados en los fenotipos humanos modernos también pueden proporcionar algunas pistas sobre la biología denisovana”, dijeron los investigadores.
“Utilizando alelos que se han asociado con fenotipos en humanos modernos, identificamos 16 asociaciones con 11 alelos denisovanos, incluyendo la altura, la presión arterial, el recuento de monocitos y los niveles de colesterol, hemoglobina y proteína C reactiva.”
“También identificamos 305 loci cuantitativos de expresión (QTL) y 117 QTL de empalme alternativo que afectan la expresión génica en humanos modernos en diecinueve tejidos, los efectos más fuertes incluyen eQTL en tiroides, tibial arterial, testículo y músculo.”
“Estos efectos moleculares pueden aprovecharse para explorar más fenotipos que no se conservan en el registro fósil, y este catálogo actualizado proporciona una base más confiable para explorar los rasgos, adaptaciones y susceptibilidades a enfermedades de los denisovanos, algunos de los cuales pueden haber sido aportados a los humanos actuales a través de la mezcla.”
Un preimpreso del artículo del equipo se publicó en bioRxiv.org el 20 de octubre de 2025.
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Stéphane Peyrégne et al. 2025. A high-coverage genome from a 200,000-year-old Denisovan. bioRxiv, doi: 10.1101/2025.10.20.683404
