En cada fase de la Campaña, las flotas podrán seleccionar entre diversas Operaciones que incluyen atacar planetas vecinos, reposicionarse estratégicamente, construir infraestructura o sabotear el control de un planeta por parte de una Alianza rival. Esta característica permite a los jugadores, incluso aquellos con tiempo limitado, contribuir al progreso general de su Alianza.
Naturalmente, atacar a los oponentes y participar en partidas de Warhammer 40,000 es la forma más efectiva de avanzar en la campaña. Sin embargo, el proceso va más allá de simplemente desplegar miniaturas y comenzar el combate. Cada planeta presenta múltiples Teatros de Operaciones que el agresor puede elegir, cada uno con sus propias particularidades que afectarán la batalla y sugerencias de terreno para mantener la coherencia temática.
Por ejemplo, la Jungla Xenoflora podría cubrir el campo de batalla con esporas que inducen la furia o estar tan densamente vegetada que impida el fuego de supresión, otorgando una ventaja particular a los ejércitos orientados al combate cuerpo a cuerpo.
