Investigadores han desarrollado un nuevo enfoque computacional para evaluar mejor los cambios en la expresión génica dentro de los tumores, considerando su microentorno único. Este método ha superado a los enfoques actuales en la predicción de la respuesta a la quimioterapia en pacientes con cáncer de mama triple negativo.
Los datos de esta nueva herramienta, desarrollada por la Dra. Wenyi Wang, profesora de Bioinformática y Biología Computacional en el Centro Oncológico MD Anderson de la Universidad de Texas, y sus colegas, fueron publicados en Cell Reports Medicine. El objetivo es mejorar los métodos existentes para predecir las respuestas al tratamiento utilizando un enfoque conocido como deconvolución, que implica descomponer, calcular e interpretar las diferencias celulares. Este enfoque también reveló nuevas perspectivas sobre las características poblacionales del cáncer de mama triple negativo.
“Las estrategias de deconvolución no son universales”, afirmó la Dra. Wang. “Nos centramos en hacer que estos métodos sean más accesibles para los investigadores sin una amplia experiencia computacional, con el objetivo de traducir estos potentes enfoques analíticos en herramientas prácticas que la comunidad de investigación del cáncer pueda aplicar fácilmente para avanzar en la medicina de precisión.”
Reconociendo la existencia de numerosas herramientas computacionales, la Dra. Wang y sus colegas publicaron recientemente una guía completa que detalla 43 de estos métodos de deconvolución en Nature Reviews Cancer. Su objetivo fue ayudar a los investigadores sin una amplia experiencia computacional a comprender qué método podría funcionar mejor para sus objetivos de estudio.
Sin embargo, las estrategias de clasificación existentes miden la composición celular, pero no tienen en cuenta los cambios que se producen en la expresión génica dentro de los tumores en relación con sus microentornos únicos.
Para abordar esto, los investigadores colaboraron con el Instituto de Ciencia de Datos en Oncología (IDSO) y el Departamento de Oncología Médica de Mama de MD Anderson para desarrollar un análisis masivo integrativo que también considera la expresión total de ARNm específica del tumor (TmS). Este enfoque tiene en cuenta la proporción de células tumorales en relación con las células no tumorales como una forma de identificar mecanismos específicos del cáncer.
Mientras que las células normales tienen una expresión de ARNm directamente proporcional al número de cromosomas, las células cancerosas tienen un número anormal de cromosomas. El biomarcador TmS tiene esto en cuenta, considerando los cambios en la expresión génica en relación con el número de cromosomas en las células cancerosas. Este biomarcador también considera los cambios en las actividades del ARN en las células del microentorno tumoral en comparación con las células tumorales.
Hallazgos del estudio actual
En un conjunto de datos de 575 pacientes con cáncer de mama triple negativo de diversos orígenes étnicos, el biomarcador TmS pudo clasificar con precisión a los pacientes como de TmS alto (pronóstico favorable) o de TmS bajo (pronóstico desfavorable).
El biomarcador superó a los métodos actuales para predecir la respuesta a la quimioterapia, lo que destaca su potencial como un punto de partida eficaz para la estratificación de pacientes con el fin de optimizar la selección del tratamiento.
Es importante destacar que este biomarcador pronóstico se aplica a todas las poblaciones, al tiempo que resalta que existen diferencias clave en los microentornos tumorales de los grupos étnicos occidentales y asiáticos con TmS alto, lo que podría permitir a los médicos también adaptar tratamientos adicionales que probablemente funcionen de manera más eficaz para cada población.
Si bien se necesita una mayor validación para avanzar con esta herramienta en la clínica, estos resultados sugieren que el biomarcador TmS es un enfoque prometedor para optimizar la selección del tratamiento en diversas poblaciones.
DIVULGACIÓN: Este estudio fue apoyado por el Instituto Nacional del Cáncer, el Departamento de Defensa, el Instituto de Prevención e Investigación del Cáncer de Texas (CPRIT), la Sociedad Americana contra el Cáncer y Lyda Hill Philanthropies. Para obtener información completa sobre las divulgaciones de los autores del estudio, visite cell.com.
