En 2021, una tecnología desarrollada en la Universidad de Michigan, llamada Seq-Scope, revolucionó la forma de mapear la actividad génica dentro de los tejidos intactos a nivel microscópico. Esta innovación permite a los investigadores medir todas las moléculas de ARNm expresadas y determinar con precisión su ubicación dentro del tejido, utilizando una máquina secuenciadora Illumina.
El equipo detrás del método Seq-Scope, liderado por la Dra. Jun Hee Lee, ha llevado recientemente la tecnología aún más lejos.
Sus hallazgos se describen en la revista Nature Communications.
“Nos preguntábamos qué podríamos ver si tuviéramos una resolución aún mejor”, comentó la Dra. Lee, Profesora de Fisiología Molecular e Integrativa en la Facultad de Medicina de la Universidad de Michigan. “Pero nos dimos cuenta de que eso es físicamente imposible.”
¿Por qué?
La preparación de una muestra de tejido para ser leída por un secuenciador Illumina implica la difusión de moléculas desde el tejido hasta la matriz que finalmente lee el secuenciador. Esta difusión está limitada a alrededor de un micrón.
Para superar esta barrera, el equipo de la Dra. Lee hizo que los tejidos en cuestión fueran proporcionalmente más grandes, incrustándolos en hidrogel y luego infundiéndolos con agua para que crecieran.
La estrategia de expansión fue concebida inicialmente por Angelo Anacleto, estudiante de doctorado de Lee, quien incorporó métodos de expansión de tejidos químicos a Seq-Scope en colaboración con la Dra. Hee-Sun Han, Profesora de Química en la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
“Hicimos que el tejido fuera más grande y luego lo analizamos utilizando nuestra metodología SeqScope”, explicó la Dra. Lee. “Y pudimos demostrar que captura con precisión el transcriptoma del tejido.”
Utilizando su método, apropiadamente llamado Seq-Scope-eXpanded, o Seq-Scope-X, pudieron observar con mayor resolución la delimitación entre células e incluso los transcritos de diferentes estructuras dentro de las células, como el núcleo y el citoplasma.
Métodos computacionales desarrollados por el Dr. Hyun Min Kang, Profesor de Bioestadística en la Escuela de Salud Pública de la Universidad de Michigan, permitieron al equipo identificar diferencias entre los ARNm transcritos en el núcleo y en el citoplasma de las células hepáticas.
La Dra. Lee afirma que la herramienta podría utilizarse para realizar descubrimientos que no eran posibles con los métodos anteriores.
“Hemos ampliado ese límite en otra magnitud para obtener información más rica. Esta tecnología está avanzando rápidamente, con una mejora de la resolución de aproximadamente cuatro veces cada año durante casi una década. Nos complace que la Universidad de Michigan esté en un punto de inflexión importante.”
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