Oncólogos han logrado algunas respuestas del sistema inmunitario en pacientes con cáncer de páncreas utilizando diversas combinaciones de vacunas y fármacos inhibidores de puntos de control inmunitario, pero no siempre está claro qué terapia está induciendo qué tipo de respuesta. Para impulsar estudios adicionales, investigadores del Johns Hopkins Kimmel Cancer Center han puesto a disposición pública un atlas web gratuito de perfiles de citometría masiva de pacientes con cáncer de páncreas metastásico. El trabajo contó con el apoyo parcial de los Institutos Nacionales de la Salud.
El atlas contiene información de 260 perfiles de citometría (de marcadores en células inmunitarias) de muestras de sangre de 64 pacientes que participaron en tres ensayos clínicos de dos vacunas contra el cáncer de páncreas y dos inhibidores de puntos de control en diferentes permutaciones, explica Won Jin Ho, MD, profesor asociado de oncología en la Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins y codirector del Instituto de Convergencia del Johns Hopkins Kimmel Cancer Center.
«Contamos con una plataforma para el perfilado inmunitario basada en más de 40 marcadores a nivel de proteína para comprender las respuestas del sistema inmunitario», afirma Ho. «También estudiamos a los pacientes antes y después del tratamiento para poder comprender las respuestas longitudinales, o cómo los tratamientos contra el cáncer inducen cambios en el sistema inmunitario».
Una descripción del atlas se publicó en la edición del 12 de enero de Cancer Immunology Research, una publicación de la Asociación Americana para la Investigación del Cáncer. El recurso, disponible en línea a través de SciServer en sciserver.org/datasets/biomed/cytof_atlas, alberga datos de citometría totalmente anotados de tres ensayos. Posibilitado por la colaboración con el Instituto de Ingeniería y Ciencia Intensiva de Datos de Johns Hopkins, la interfaz de usuario del atlas y las herramientas integradas simplifican las comparaciones de tipos de células y niveles de expresión. Los investigadores planean agregar información al atlas con el tiempo, incluida información de análisis de tejido tumoral, dice Ho.
«El cáncer de páncreas es una enfermedad tan letal, que fue nuestra motivación para hacerlo público», dice Ho. La tasa de supervivencia a cinco años es de solo el 13%, según la Red de Acción contra el Cáncer de Páncreas. «Nuestro grupo ha realizado muchos ensayos investigacionales de inmunoterapia. Estos son ensayos de fase temprana de grupos más pequeños de pacientes, pero han sido muy informativos, incluso si los resultados clínicos no han cumplido con lo que esperábamos».
Los investigadores aplicaron nuevas técnicas de citometría a muestras de sangre recolectadas en ensayos previamente completados para construir el atlas, con el fin de ayudar a informar el desarrollo de nuevas terapias. Dimitrios Sidiropoulos, PhD, un inmunólogo computacional del cáncer en Johns Hopkins, codirigió la integración inter-ensayos de los datos, encontrando firmas inmunitarias en la sangre que son distintas a inmunoterapias específicas y que pueden proyectarse en tejidos tumorales, lo que demuestra la utilidad del atlas. «Lo que esperamos es que los científicos puedan ir a este repositorio, explorar los datos y generar hipótesis para llevar a cabo nuevos estudios», dice Ho.
Ho y sus colegas han puesto a disposición datos adicionales de sus estudios: los datos de expresión de proteínas en bruto se comparten en archivos disponibles en zenodo (doi.org/10.5281/zenodo.13937090). El código de análisis está disponible en el repositorio de GitHub (github.com/wjhlab/Immunotherapy-Atlas).
En el mismo número de la revista, Ho y sus colegas también informaron los resultados de un nuevo estudio de fase II de 57 pacientes con cáncer de páncreas metastásico cuya enfermedad progresó mientras estaban en quimioterapia. El ensayo, dirigido por Dung Le, MD, el Bloomberg~Kimmel Professor of Cancer Immunotherapy, y Katie Bever, MD, profesora asistente de oncología, asignó aleatoriamente a los pacientes a uno de dos grupos de tratamiento: la vacuna CRS-207 más las inmunoterapias anti-PD1 nivolumab y anti-CTLA4 ipilimumab, con o sin la vacuna GVAX, durante seis ciclos de 21 días.
Si bien las tasas de respuesta no fueron significativamente diferentes entre los grupos, estudios inmunológicos en profundidad codirigidos por Amanda Huff, PhD, profesora asistente de oncología, observaron que los regímenes basados en vacunas podían generar clones de células T específicos para el antígeno mesotelina y la mutación KRAS, y que esos clones se infiltraron en los tumores. Estos hallazgos, comunicados como publicaciones complementarias, son complementarios para determinar los efectos de los agentes inmunoterapéuticos clave. Agregar anti-CTLA4 a la base de la inmunoterapia aumenta significativamente la infiltración de células T con experiencia en antígenos y «será una parte importante de los futuros pilares de la inmunoterapia», dice Ho.
Los coautores del estudio del atlas fueron Dimitrios N. Sidiropoulos, Zhehao Zhang, Jennifer N. Durham, Soren Charmsaz, Nicole E. Gross, Jae W. Lee, Yanyi Sun, Susheel Perikala, Joseph A. Tandurella, Dmitrijs Lvovs, Arik Mitschang, Gerard Lemson, Sarah M. Shin, Alexei G. Hernandez, Sarah Mitchell, James M. Leatherman, Ludmila Danilova, Hao Wang, Elana J. Fertig, Elizabeth M. Jaffee, Katherine M. Bever y Dung T. Le de Johns Hopkins.
El trabajo fue apoyado por una subvención de la Lustgarten Foundation for Pancreatic Cancer Research; los Institutos Nacionales de la Salud (subvenciones P01-CA247886-01A1, U01CA212007 y U01CA253403); el Instituto Nacional del Cáncer (subvenciones R50 CA243627, F31CA268724-01, R21CA264004 y S10OD034407); la subvención SU2C/AACR DT-14-14; el Emerson Cancer Research Fund; una subvención de Allegheny Health Network; el JHU Discovery Award; y SPORE GI P50CA062924-24A1.