Los investigadores demuestran el primer método sin óptica basado en secuenciación para la proteómica espacial de células individuales
ESTOCOLMO, 8 de mayo de 2024 /PRNewswire/ — Tecnologías Pixelgenlíder en proteómica espacial para células individuales, anunció hoy que investigadores de Pixelgen, el Instituto Karolinska, el Imperial College de Londres y el Instituto Real de Tecnología de Suecia han demostrado un método innovador basado en secuenciación para identificar las ubicaciones relativas de proteínas inmunológicamente relevantes altamente multiplexadas en células individuales, en un revisado por pares artículo publicado en Métodos de la naturaleza. La tecnología de pixelación molecular (MPX) utilizado en el estudio es el primero en demostrar la proteómica espacial de células individuales sin luz, lo que permite la multiplexación, el rendimiento y la resolución espacial en 3D para la investigación de células individuales a nivel de proteómica.
El estudio, titulado “Pixelación molecular: proteómica espacial de células individuales mediante secuenciación”, ilustra la capacidad de una estrategia basada en códigos de barras de ADN para identificar y visualizar en 3D la organización espacial de las proteínas de los receptores de las células inmunitarias. La forma en que se organizan los receptores de la superficie de las células inmunitarias entre sí y su comportamiento controlan muchas de las funciones vitales de una célula. Tradicionalmente, los investigadores han estudiado la organización espacial de las proteínas de la superficie con microscopía, utilizando anticuerpos marcados con fluoróforos en muestras inmovilizadas o con citometría de flujo. Estos enfoques tienen limitaciones en la multiplexación y el rendimiento de las muestras, y los datos se visualizan sólo en dos dimensiones.
MPX utiliza anticuerpos marcados con ADN (conjugados anticuerpo-oligonucleótido, AOC) unidos a sus objetivos proteicos en células fijadas químicamente para examinar la disposición de las proteínas de la superficie celular de una manera altamente multiplexada. No se requiere inmovilización de la muestra ni compartimentación de células individuales y los ensayos se realizan en tubos de reacción estándar. Los píxeles de ADN, que son esferas de ADN únicas de tamaño nanométrico, se utilizan para formar asociaciones entre AOC vecinas, lo que permite el análisis espacial de la disposición de las proteínas. Luego, los amplicones generados se secuencian y las lecturas se organizan computacionalmente en redes proteómicas espaciales de cada célula.
El estudio procesó un panel heterogéneo de proteínas de 80 complejos dirigido a células T, células NK, células B, células dendríticas y monocitos. Demostró la capacidad de MPX para generar datos unicelulares sobre la abundancia de proteínas a partir de células mononucleares de sangre periférica (PBMC). También identificó patrones conocidos y novedosos de organización espacial de proteínas en células T estimuladas por quimiocinas. Los resultados muestran la capacidad de MPX para definir estados celulares basándose en la disposición espacial de las proteínas de la superficie.
“Este estudio destaca la importancia de la proteómica espacial de células individuales, lo que podría aportar nuevos conocimientos sobre la motilidad y activación celular, el modo de acción de los fármacos y el descubrimiento de objetivos de fármacos basados en la agrupación espacial y la comunicación de célula a célula”, dijo Filip Karlsson, director de tecnología de Pixelgen y autor principal del artículo. “Creemos que MPX tiene ventajas significativas sobre las tecnologías tradicionales y desempeñará un papel importante a la hora de guiar el desarrollo de terapias que apuntan a reorganizar espacialmente las proteínas de la superficie celular para respaldar las actividades inmunomoduladoras, incluido el ajuste previo de las sinapsis inmunes en las células CAR-T en el cáncer. y, en términos más generales, allanar el camino para una nueva generación de medicamentos y diagnósticos”.
“Poder analizar la distribución espacial y la colocalización de proteínas en glóbulos blancos individuales, como se demuestra en este estudio, tiene un valor tremendo para nuestra investigación sobre cómo las células se regulan mediante interacciones entre células y adaptan su función en respuesta a factores ambientales”, añadió Petter Brodin, MD, PhD, profesor de inmunología pediátrica en el Instituto Karolinska y el Imperial College de Londres, y coautor del artículo. “Esta dimensión espacial adicional ofrece una capa ortogonal de información a las mediciones de abundancia de proteínas y ARNm que estamos acostumbrados a estudiar y estamos ansiosos por saber qué nos dirá en el futuro”.
Acerca de las tecnologías Pixelgen
Pixelgen Technologies AB fue fundada en 2020 por un equipo de innovadores y emprendedores apasionados y experimentados con la visión de aportar una nueva comprensión espacial a la biología mediante el mapeo de proteínas de la superficie celular y sus interrelaciones espaciales. La empresa ha desarrollado Molecular Pixelation, una tecnología de visualización basada en ADN para analizar proteínas de la superficie celular, para obtener conocimientos novedosos sobre la actividad celular que permitirán mejorar los medicamentos y los diagnósticos. Pixelgen tiene su sede en Estocolmo, Suecia.
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FUENTE Tecnologías Pixelgen
2024-05-08 11:00:00
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