FIRMA: Rebeca Dzombak
Newswise – Un nuevo estudiar Dirigido por investigadores del Centro Oncológico Rogel de Salud de la Universidad de Michigan, identifica nuevos biomarcadores en los carcinomas de células renales. El análisis integrador de los investigadores de conjuntos de datos proteogenómicos completos de carcinomas renales de células no claras y de células claras se basa en trabajos anteriores, que se centraron principalmente en la geonomía, y mejora la comprensión de los mecanismos de los carcinomas de células renales. Los hallazgos sientan las bases para identificar objetivos terapéuticos en los carcinomas de células renales de células no claras. El estudio ya está disponible en Medicina de informes celulares.
Los carcinomas de células renales son diversos, con más de 20 subtipos conocidos, y pueden clasificarse en gran medida como de células claras o de células no claras; Alrededor del 20% de todos los CCR son CCR de células no claras; la mayoría de los subtipos de esta categoría son muy raros y relativamente poco estudiados.
A pesar de tener diferentes constituciones moleculares, los CCR que no son cc se tratan con el estándar de atención diseñado para la forma común, lo que afecta los resultados del tratamiento. El diagnóstico diferencial de tumores no ccRCC puede ser un desafío debido a la superposición de características morfológicas y la falta de especificidad de los biomarcadores actuales.
Pero “el estándar de atención para los CCR que no son ccRCC está evolucionando”, dijo Saravana Mohan Dhanasekaran, científica investigadora asociada del Centro de Medicina de Patología Traslacional de Michigan que ayudó a dirigir el nuevo estudio. “Los cánceres raros a menudo quedan fuera de los principales esfuerzos de elaboración de perfiles, por lo que los avances terapéuticos y de diagnóstico en este espacio han sido limitados. Hasta ahora, ningún centro ha tenido suficientes muestras de la calidad necesaria para un perfil multiómico integral, como lo hemos llevado a cabo en este estudio”.
El estudio, dirigido por el Dr. Alexey Nesvizhskii de Rogel, fue un esfuerzo del Instituto Nacional del Cáncer. Consorcio de análisis clínico de tumores proteómicos, un grupo nacional de investigadores que utiliza análisis de proteoma y genoma a gran escala para comprender las bases moleculares de los cánceres. CPTAC brindó a los investigadores la capacidad muy necesaria de combinar datos genómicos y proteogenómicos de los tumores, lo que permitió análisis completos y a gran escala como los utilizados en este estudio.
“Nuestro estudio contribuye significativamente a este creciente esfuerzo de la comunidad de cáncer renal raro al caracterizar muestras de tumores raros y de alta calidad, proporcionando un recurso de datos públicos útil”, dijo Dhanasekaran.
El estudio aprovechó las muestras de alta calidad disponibles a través de CPTAC para generar múltiples tipos de datos que la investigadora Ginny Xiaohe Li, Ph.D., y el estudiante graduado Leo Yi Hsiao (coautores del laboratorio Nesvizhskii) procesaron a través de varios canales de análisis desarrollados en Mm. Se basa en trabajos previos sobre carcinomas de células renales centrándose en las proteínas.
“Para comprender realmente lo que está sucediendo, los datos genómicos no son suficientes. Necesitamos observar las proteínas”, dijo Nesvizhskii, profesor de Bioinformática Godfrey Dorr Stobbe en los Departamentos de Patología y Medicina Computacional y Bioinformática, y director del Fondo de Recursos de Proteómica. “El nuestro es un estudio histórico que explora en profundidad el lado proteico del subtipo de células no claras y lo vincula con el trabajo genómico realizado previamente en carcinomas de células renales”.
El equipo de Nesvizhskii previamente codirigió dos estudios CPTAC sobre proteogenómica en CCR de células claras; aquellos caracterizaron a 213 pacientes (con 305 tumores y 166 tejidos renales benignos) y nominaron tanto biomarcadores como biomarcadores terapéuticos para cc-RCC. El nuevo estudio CPTAC giró para centrarse en pacientes sin ccRCC e incluyó a 48 pacientes sin ccRCC (con 48 tumores y 22 tejidos renales benignos). En conjunto, estos estudios han generado una base de datos proteogenómica de carcinoma de células renales muy grande, que servirá como un valioso recurso público para futuras investigaciones.
Los investigadores compararon las características de modificación proteogenómica, metabolómica y postraduccional en tumores ccRCC con tumores que no son ccRCC, incluidos algunos subtipos de tumores raros. Luego realizaron análisis integradores de los datos multiómicos para obtener una comprensión integral de los mecanismos que impulsan la enfermedad en estos diversos subtipos de CCR.
“El riñón es un órgano asombroso. Tiene muchos tipos de células, pero eso significa que también tiene muchos cánceres”, dijo Dhanasekaran. “Tenemos que mirarlo desde muchos ángulos para obtener una historia coherente”.
Mejores biomarcadores, mejores diagnósticos, mejores tratamientos
Valió la pena echarle todo al problema. Los análisis exhaustivos revelaron características moleculares compartidas por los tumores de CCR cc y no cc, así como características exclusivas de varios subtipos de CCR no cc e indicadores de inestabilidad genética, que se asocia con tasas de supervivencia más bajas.
Los CCR con alta inestabilidad del genoma sobreexpresan IGF2BP3 y PYCR1. Los investigadores ahora pueden utilizar esos biomarcadores para validarlos en cohortes independientes y, eventualmente, desarrollar ensayos para detectar la inestabilidad del genoma, identificar a los pacientes de mayor riesgo y permitir a los médicos adaptar el tratamiento a las necesidades del paciente.
El estudio también identificó biomarcadores de diagnóstico diferencial, que pueden distinguir entre tumores malignos y benignos. Estos biomarcadores diferenciales podrían agregarse a los paneles existentes para mejorar la precisión del diagnóstico.
Además, la integración de la secuenciación de ARN de células individuales con datos masivos del transcriptoma permitió predecir la célula de origen para una variedad de tipos de tumores y aclaró las firmas proteogenómicas para varios subtipos de CCR.
En general, los hallazgos mejoran la capacidad de los investigadores para diagnosticar con precisión muchos subtipos de CCR, incluidas algunas formas raras, y detectar pacientes de mayor riesgo y dar forma a su atención en consecuencia.
“Este artículo aborda las necesidades clínicas insatisfechas de muchos pacientes, incluidos aquellos con subtipos raros que a menudo se clasifican erróneamente, lo que retrasa la atención adecuada”, dijo Nesvizhskii. “La identificación de estos biomarcadores potenciales está ayudando a mejorar la atención al paciente”.
Autores adicionales: el estudio incluye autores de la Universidad John Hopkins, el Instituto Nacional de Salud y otras instituciones. Otros autores del estudio de la Universidad de Michigan incluyen a Rahul Mannan, Yuping Zhang, Jie Luo, Hanbyul Cho, Noshad Hosseini, Felipe da Veiga Leprevost, Aniket Dagar, Chandan Kumar-Sinha, Seema Chugh, Alex Hopkins, Xiaoming Wang, Fengchao Yu, Xiaojun Jing, Gilbert S. Omenn, Rohit Mehra, Marcin P. Cieslik y Arul M. Chinnaiyan.
Divulgaciones: AIN, FY y DAP reciben regalías de la Universidad de Michigan por la venta de licencias de software MSFragger a entidades comerciales. Todas las transacciones de licencias son administradas por la oficina de Asociaciones de Innovación de la Universidad de Michigan y todos los ingresos están sujetos a la política de transferencia de tecnología de la universidad. En relación con este trabajo, la Universidad de Michigan ha presentado una patente provisional, donde se nombran como inventores a AMC, AIN, SMD, R. Mannan, R. Mehra, YZ, SC, AD, XW, GXL e YH.
Financiamiento: Este trabajo fue apoyado por el Consorcio de Análisis Proteómico de Tumores Clínicos (CPTAC) del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) con los números de premio U24CA210955, U24CA210985, U24CA210986, U24CA210954, U24CA210967, U24CA210972, U24CA210979, U01CA214114, U01CA214116, U01CA214125, U24CA271037 , U24CA271114 y U24CA271079. Esta investigación fue financiada en parte por el Programa de Investigación Intramuros del NIH, Instituto Nacional del Cáncer. MC y SMD cuentan con el respaldo parcial del premio DOD CDMRP KCRP W81XWH-21-1-0824.
“Caracterización proteogenómica integral de tumores renales raros” Medicina de informes celulares. DOI: doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101547
2024-05-06 14:05:00
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