Un equipo de investigación dirigido por la Universidad de California en Irvine ha construido los primeros mapas de referencia genética para longitudes cortas de ADN repetidas varias veces que se sabe que causan más de 50 enfermedades humanas letales, incluida la esclerosis lateral amiotrófica, la enfermedad de Huntington y múltiples cánceres.
La base de datos de agregación de genoma en tándem de UC Irvine permite a los investigadores estudiar cómo estas mutaciones, llamadas expansiones de repetición en tándem, están conectadas con enfermedades, para comprender mejor las disparidades en la salud y mejorar el diagnóstico clínico.
El estudio, publicado hoy en línea en la revista Celúla, presenta UC Irvine TR-gnomAD, que aborda una brecha crítica en los esfuerzos actuales de secuenciación del genoma de los biobancos. Aunque las expansiones de TR constituyen alrededor del 6 por ciento de nuestro genoma y contribuyen sustancialmente a condiciones complejas y agradables, la comprensión científica de ellas sigue siendo limitada.
Este proyecto innovador posiciona a UC Irvine como líder en genética humana y médica al abordar la brecha crítica en la capacidad de interpretar las expansiones de TR en individuos con trastornos genéticos. El TR-gnomAD mejora nuestra capacidad para determinar cómo ciertas enfermedades podrían afectar a diversos grupos de personas en función de las variaciones en estas mutaciones entre los ancestros. Las empresas de consultoría genética pueden desarrollar productos para interpretar esta información e informar con precisión cómo ciertos rasgos podrían estar relacionados con diferentes grupos de personas y enfermedades”.
Wei Li, catedrático Grace B. Bell, profesor de bioinformática y coautor correspondiente
Para crear la base de datos, el equipo utilizó dos herramientas de software para analizar los datos genómicos de 338.963 participantes en 11 subpoblaciones. De los 0,91 millones de TR identificados, 0,86 millones eran de calidad suficientemente alta como para conservarlos para estudios posteriores. También se descubrió que el 30,5 por ciento de ellos tenían al menos dos formas alternativas comunes de un gen causado por una mutación ubicada en el mismo lugar de un cromosoma.
“Aunque hemos genotipado con éxito un número sustancial de TR, eso sigue siendo sólo una fracción del número total en el genoma humano”, dijo Li. “Nuestros próximos pasos serán priorizar la integración de un mayor número de TR de alta calidad e incluir más ancestros subrepresentados, como los australianos, los isleños del Pacífico y los mongoles, a medida que nos acercamos a la realización de una medicina de precisión personalizada”.
Los miembros del equipo de UC Irvine involucrados en la investigación incluyeron al coautor correspondiente y profesor asistente de investigación Ya Cui; Wenbin Ye, becario postdoctoral; Jason Sheng Li, estudiante de posgrado en química biológica; y Eric Vilain, profesor de pediatría y director del Instituto de Ciencias Clínicas y Traslacionales. También participaron Jingi Jessica Le, profesora de bioestadística de UCLA, y el Dr. Tamer Sallam, vicepresidente y profesor asociado de la Facultad de Medicina David Geffen de UCLA.
Fuente:
Universidad de California, Irvine
Referencia de la revista:
Cui, Y., et al. (2024) Un espectro de expansiones de repeticiones en tándem en todo el genoma en 338.963 humanos. Celúla. doi.org/10.1016/j.cell.2024.03.004.
2024-04-06 03:48:00
1712543338
#Los #investigadores #desarrollan #los #primeros #mapas #genéticos #repeticiones #ADN #relacionadas #con #enfermedades
.jpg?fit=300%2C300&ssl=1)
/s3/static.nrc.nl/images/gn4/stripped/data115650838-3c6f3c.jpg?fit=300%2C300&ssl=1)
